Dois conceitos primeiro. Seu aplicativo é o Cliente , Mongodb é o Servidor .

A principal diferença é que com .save() você já tem um objeto no código do lado do cliente ou teve que recuperar os dados do servidor antes de escrevê-lo de volta e está gravando tudo de volta.

Por outro lado .update() não exigem que os dados sejam carregados para o cliente a partir do servidor. Toda a interação acontece do lado do servidor sem recuperar para o cliente. Então .update() pode ser muito eficiente dessa maneira ao adicionar conteúdo a documentos existentes.

Além disso, há o multi parâmetro para .update() que permite que as ações sejam executadas em mais de um documento que corresponda à condição da consulta.

Existem algumas coisas em métodos de conveniência que você perde ao usar .update() como uma chamada, mas os benefícios para certas operações é o "trade-off" que você tem que suportar. Para obter mais informações sobre isso e as opções disponíveis, consulte a documentação.

Resumindo .save() é uma interface do lado do cliente, .update() é do lado do servidor.