O que você está fazendo é a melhor e mais ideal maneira de fazê-lo no Mongo. Estou em uma situação semelhante e depois de passar por todas as implementações possíveis do padrão de design N:M, também cheguei a essa mesma solução.

Aparentemente, isso não é uma coisa do mongodb, mas mais um conceito de NoSQL, em que os dados menos alterados (cursos) podem ser mantidos separadamente. E como excluir um curso não será uma operação muito frequente, é viável o suficiente para passar por todos os registros para removê-lo.

Por outro lado, você pode deixar como está. Na lógica de sua aplicação, apenas ignore os valores de Cursos no documento Aluno que não possuem um reference_id no documento Curso. Mas, nesse caso, você deve certificar-se de que os antigos Course_ids excluídos não estão sendo reutilizados.

OU apenas use os sinalizadores excluídos no documento do curso e lide com todo o resto na lógica do seu aplicativo.