Esta é a consulta que você deve usar:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Você precisa especificar a cláusula "where" para encontrar o documento a ser atualizado. Também está faltando o operador posicional $, você precisa usá-lo porque as consultas podem ter vários resultados.
