Tente a seguinte consulta:
collection.update(
{ _id: id },
{ $pull: { 'contact.phone': { number: '+1786543589455' } } }
);
Ele encontrará o documento com o
_id fornecido e remova o telefone +1786543589455 de seu contact.phone variedade. Você pode usar
$unset para desmarcar o valor na matriz (defina-o como null ), mas não para removê-lo completamente. 
