Por padrão, o resultado das agregações é retornado a você em um único documento BSON, de onde vem a restrição de tamanho. Se você precisar devolver mais do que isso, você pode:

• 
  fazer com que os resultados sejam enviados para uma coleção. Você faz isso terminando seu pipeline com
  
  {"$out":"nome-de-algum-coleção"}
  
  Você então consulta essa coleção normalmente (você precisará excluí-la quando terminar)
  
• 
  ter os resultados retornados como um cursor, especificando useCursor=True quando você chama agregado.
  

Ambas as opções requerem o mongodb 2.6:se você ainda estiver executando o mongodb 2.4, este é apenas um limite fundamental de agregações.