Você tentou adicionar outra projeção de inclusão? Acho que você pode adicionar algo trivial como foo:1 (que não é um campo real) e deve funcionar.
Igual a:
{ 'countries' : { '$slice' : [0, 3] }, '_id' : 0, foo : 1 }
Se não funcionar, sugiro registrar um bug com o mongo. Eles são realmente muito bons em responder a bugs.
