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Como defino métodos em um modelo Mongoose?


Você não especificou se estava procurando definir métodos de classe ou instância. Como outros abordaram métodos de instância, veja como você definiria um método de classe/estático:
animalSchema.statics.findByName = function (name, cb) {
    return this.find({ 
        name: new RegExp(name, 'i') 
    }, cb);
}