Estou usando o mongoose versão 1.2.0 e assim que criei uma nova instância de um modelo de mongoose, o
_id já está definido. coffee> u = new User()
[object Object]
coffee> u._id
4dd68fc449aaedd177000001
Também verifiquei que depois de chamar
u.save() o _id continua o mesmo. Verifiquei via MongoHub que este é realmente o ID real salvo no MongoDB. 
