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Como executo um script MongoDB js usando o Java MongoDriver


As respostas anteriores não funcionam no MongoDB 3.4+. A maneira correta de fazer isso na versão 3.4 e superior é criar um BasicDBObject e usá-lo como parâmetro de Database.runCommand(). Aqui está um exemplo. 
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
            command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
            Document result = database.runCommand(command);