Você pode usar o método 'command()' em PHP para executar a estrutura de agregação como um comando de banco de dados. A sintaxe precisa para sua consulta de exemplo seria:
$conn = new Mongo("localhost:$port");
$db = $conn->test;
$result = $db->command (
array(
"aggregate" => "counter",
"pipeline" =>
array(
array( '$match' => array( 'page_id' => 123456 )),
array( '$group' => array( "_id" => '$page_id',
'total' => array( '$sum' => '$pageview')
)
)
)
)
);