Há um distinct comando no mongodb, que pode ser usado em conjunto com uma consulta. No entanto, acredito que isso apenas retorna uma lista distinta de valores para uma chave específica que você nomeia (ou seja, no seu caso, você obteria apenas os valores de id retornados), então não tenho certeza se isso fornecerá exatamente o que você deseja se você precisa dos documentos completos - você pode precisar do MapReduce em vez disso.

Documentação em distinto:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Aggregation#Aggregation-Distinct