Um ObjectId é binário e, portanto, ocupa menos espaço. Os ObjectIds também têm o fator de classificação - eles acabarão na ordem de inserção (ou muito próximos), permanecendo exclusivos. A classificação pode ser boa para algumas coisas, mas indesejada para outras (como chaves de fragmentação). Você também pode extrair o carimbo de data/hora (segunda resolução) de um ObjectId, o que pode ser conveniente.

Tirando isso, eu diria que não há muita diferença.