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como usar preencher e agregar na mesma declaração?


Com a versão mais recente do mangusto (mangusto>=3.6), você pode mas requer uma segunda consulta e o uso de populate de maneira diferente. Após a agregação, faça o seguinte:
Patients.populate(result, {path: "patient"}, callback);

Veja mais na API do Mongoose e nos documentos do Mongoose.