Você acredita que a indexação não requer nenhuma reorganização do documento e a maneira como você descreveu o índice sugere que um índice destro está correto. Assim, a indexação parece ser descartada como um problema. Você pode, é claro - como sugerido acima - descartar isso definitivamente descartando o índice e executando novamente suas gravações em massa.

Além da indexação, eu…

• Considere se seu disco pode acompanhar o volume de dados que você está persistindo. Mais detalhes sobre isso nos documentos do Mongo
• Use a criação de perfil para entender o que está acontecendo com suas gravações