Tamanho da memória virtual e o tamanho do residente parecerá muito grande para o processo mongod. Isso é benigno:o espaço de memória virtual será apenas maior que o tamanho dos arquivos de dados abertos e mapeados; o tamanho residente irá variar dependendo da quantidade de memória não utilizada por outros processos na máquina.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Caching
Quando você remove um objeto da coleção do MongoDB, o espaço que ele ocupa não é automaticamente coletado como lixo e os novos registros são apenas anexados ao final dos arquivos de dados, tornando-os cada vez maiores. Isso explica tudo:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
Para começar, basta usar:
db.repairDatabase()
