Acontece que, após vários dias testando diferentes configurações, uma abordagem melhor era mudar para SQLcl . Ele suporta scripts sql*plus mas parece funcionar MUITO mais rápido; comparável à velocidade de exportação do SQL Developer, ou até melhor (que é o desempenho que eu esperava em primeiro lugar!). Mudando para ele e substituindo SET markup csv on; em meus scripts com SET SQLFORMAT CSV manteve o mesmo resultado, mas resultou em um enorme aumento de velocidade sem mais alterações. Aparentemente eu estava errado em começar com sql*plus e deveria ter começado com SQLcl.

Vale a pena notar para outros que seguem que as muitas perguntas, blogs e fóruns que discutem o sql*plus sendo mais rápido parecem ter sido para versões anteriores do oracle. No momento da redação deste artigo, em meados de 2021, o SQLcl parece ser a melhor maneira de obter velocidade. Ou pelo menos, foi muito no meu caso.