Spring JdbcTemplate altera sessão

Há muitas maneiras de fazer isso. A primeira:

DataSource é uma interface, então por que você não a implementa (use o padrão Proxy)? Crie algo assim:

class MyDataSource implements DataSource {
    private DataSource realDataSource;

    public Connection getConnection() {
          Connection c = realDataSource.getConnection();
          // do whatever you want to do and
          return c;
    }

}

Todos os outros métodos serão delegados diretamente para realDataSource.

Esse proxy pode ser usado em um trecho de código fornecido.

Você pode usar algum AOP - apenas forneça um aviso de que, após a criação da conexão, executar e fazer o que você precisar lá. Basicamente é o mesmo proxy, mas criado automaticamente pelo Spring.