Isso aconteceu comigo porque eu adicionei manualmente uma entrada ao meu banco de dados com o id 0 (zero). No meu caso EclipseLink "não conseguiu" lidar com um id com zero.
<property name="eclipselink.allow-zero-id" value="true"/>
Esta propriedade diz que o EclipseLink trata de zero como um id válido.
[1] http://meetrohan.blogspot.de/ 2011/11/eclipselink-null-primary-key.html
