Supondo que você esteja usando a maioria das tabelas intermediárias apenas para junções e não extraindo dados delas, crie índices adicionais em cada um que indexe os dois IDs em um único índice. Dessa forma, quando o banco de dados coleta dados para fazer a junção, ele procura no índice e tem todos os dados necessários. Todos esses registros "TABLE ACCESS FULL" desaparecem, você terá apenas acessos de índice.
Exemplos de índices:
TABLE2 (ID_ROLE, ID_APLICATION)
TABLE4 (ID_PTS, ID_TS)
TABLE6 (ID_PLANT, ID_DEL)
etc...
