Dustin,

A documentação da Oracle aqui:http:// download.oracle.com/docs/cd/B19306_01/appdev.102/b14258/u_file.htm#i1003404

Afirma que:FFLUSH grava fisicamente dados pendentes no arquivo identificado pelo identificador de arquivo. Normalmente, os dados que estão sendo gravados em um arquivo são armazenados em buffer. O procedimento FFLUSH força os dados armazenados em buffer a serem gravados no arquivo. Os dados devem ser encerrados com um caractere de nova linha.

A última frase é a mais pertinente.

Você não conseguiu gravar os dados usando UTL_FILE.PUT_LINE antes de pesquisar o arquivo resultante pelos terminadores de linha e removê-los?

Apenas um pensamento....