inserir vários registros em um único clique no botão dinamicamente

Se você não souber o número exato de assuntos para inserir as marcas - como devemos gerar uma consulta para fazer isso?

Mesmo assim, para mostrar que você se protege contra ataques de SQL Injection, você coloca seu SQL em Stored Procs:

create PROCEDURE [dbo].[pr_GetAssignedSubjectsByFacultyIdAndSemester]
@FacultyID int,
@Semester nvarchar(MAX)
AS
BEGIN
SET NOCOUNT ON;
SELECT [Faculty], [Subjects],[CreatedBy],[CreatedDate],[ModifiedBy],[ModifiedDate]
 FROM [dbo].[tblNotSure]
WHERE [FacultyID] = @FacultyID
AND [Semester] = @Semester
AND [IsDeleted] = 0
END

Então no código chamamos o procedimento armazenado, observe os Comandos Parametrizados, isso evita ataques de SQL Injection. Por exemplo, digamos que digitamos no semestre ddl/textbox (ou usando FireBug para editar o valor dos elementos) 1 UNION SELECT * FROM Master.Users - executar este SQL ad-hoc poderia retornar a lista de contas de usuário SQL, mas passar por um comando parametrizado evita o problema:

public static aClassCollection GetAssignedSubjectsByFacultyIdAndSemester(int facultyId, string semester)
{
var newClassCollection = new aClassCollection();
    using (var connection = new SqlConnection(ConfigurationManager.ConnectionStrings["sqlConn"].ConnectionString))
    {
        using (var command = new SqlCommand("pr_GetAssignedSubjectsByFacultyIdAndSemester", connection))
        {
            try
            {
                command.CommandType = CommandType.StoredProcedure;
                command.Parameters.AddWithValue("@facultyId", facultyId);
                command.Parameters.AddWithValue("@semester", semester);
                connection.Open();
                SqlDataReader dr = command.ExecuteReader();
                while (dr.Read())
                {
                    newClassCollection.Add(new Class(){vals = dr["vals"].ToString()});
                }
            }
            catch (SqlException sqlEx)
            {
             //at the very least log the error
            }
            finally
            {
             //This isn't needed as we're using the USING statement which is deterministic                    finalisation, but I put it here (in this answer) to explain the Using...
                connection.Close();
            }
        }
    }

    return newClassCollection;
}