Verifique se pelo menos um membro na classe de entidade em questão está marcado como membro de chave primária no designer L2S. Se uma entidade não tiver nenhum membro PK, o L2S a ignorará silenciosamente ao enviar atualizações (silenciosamente como em nenhuma exceção lançada e nenhuma instrução SQL de atualização gerada e enviada ao db).