Um índice clusterizado possui todos os dados da tabela enquanto um índice não clusterizado possui apenas a coluna + a localização do índice clusterizado ou a linha se estiver em um heap (uma tabela sem índice clusterizado). Portanto, se você fizer uma contagem (coluna) e essa coluna for indexada com um índice não clusterizado, o SQL Server só precisará verificar o índice não clusterizado, que é mais rápido que o índice clusterizado, porque mais caberá em páginas de 8K