Sqlserver
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Usando T-SQL EXCEPT com DELETE / Otimizando uma consulta


Você também pode tentar not exists e o script ficaria assim:
delete from [Deliverables] 
where not exists 
    (select 1 
        from [ActiveProjects]
        where [ActiveProjects].[ProjectID] = [Deliverables].[ProjectID])

Se houver muitos dados em [ActiveProjects], deve ser a melhor solução, no entanto, todos os dados dependem, portanto, teste a eficiência antes de usar.