Você também pode tentar
not exists
e o script ficaria assim:delete from [Deliverables]
where not exists
(select 1
from [ActiveProjects]
where [ActiveProjects].[ProjectID] = [Deliverables].[ProjectID])
Se houver muitos dados em [ActiveProjects], deve ser a melhor solução, no entanto, todos os dados dependem, portanto, teste a eficiência antes de usar.