Usando CHANGETABLE() em todas as tabelas

Não estou familiarizado com esse recurso, mas se o seu problema é como consultar várias tabelas usando CHANGETABLE() então suponho que você possa usar um procedimento armazenado para fazer um loop sobre todos os nomes de tabela e executar a consulta usando SQL dinâmico:

declare 
    @sql nvarchar(max), 
    @parameters nvarchar(max), 
    @TableName nvarchar(128), 
    @Version bigint

set @Version = CHANGE_TRACKING_CURRENT_VERSION()

declare Tables cursor local fast_forward
for 
select name from sys.tables where... -- add conditions here if necessary

open Tables
fetch next from Tables into @TableName
while @@fetch_status = 0
begin
    set @sql = N'select * from CHANGETABLE(CHANGES ' + quotename(@TableName) + ', @LastVersion)ct order by sys_change_version desc'
    set @parameters = N'@LastVersion bigint'
    exec sp_executesql @sql, @parameters, @LastVersion = @Version
    fetch next from Tables into @TableName
end

close Tables
deallocate Tables

Você pode combinar isso com um INSERT no SQL dinâmico para gravar os resultados em uma tabela que você consulta para relatórios e análises.