Isso pode ou não funcionar com base na política de segurança da sua empresa (ou monitoramento dela), mas você pode escrever uma macro rápida que abre todos os 200 arquivos e os salva em um diretório temporário "desprotegido" sem uma senha. Em seguida, execute seu script SSIS e, quando isso for concluído, exclua todos os 200 arquivos (com um excluídor seguro, como Apagador )
Sub ManagePWords()
Dim f(1 To 200) As Variant
Dim i As Integer
Dim origpath As String, temppath As String
Dim wb As Excel.Workbook
origpath = "c:\where_files_are_now\"
temppath = "c:\where_files_are_now\unprotected\"
f(1) = Array("filename1", "password1")
f(2) = Array("filename2", "password2")
'keep going for all 200 files
For i = 1 To UBound(f)
Set wb = Application.Workbooks.Open(origpath & f(i)(0), , , , f(i)(1))
wb.SaveAs temppath & f(i)(0) & ".xlsx", , ""
wb.Close
Next i
End Sub