Você está certo, é confuso que o SQL Server permita que você crie índices duplicados no(s) mesmo(s) campo(s). Mas o fato de você poder criar outro não indica que o índice PK também não exista.

O índice adicional não é bom, mas o único dano (muito pequeno) é o tamanho do arquivo adicional e a sobrecarga de criação de linha.