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A consulta é executada rapidamente no Query Analyzer, mas lenta no aplicativo C#


Normalmente, essas são diferenças de configuração do SET, levando a planos diferentes. No Management Studio, o procedimento provavelmente está sendo executado com o mesmo configurações como estavam em vigor quando foi criado.

Dê uma olhada em sys.dm_exec_sessions para seu aplicativo ASP.Net e para sua sessão SSMS. Vou arriscar um palpite de que pelo menos um de seus SET configurações é diferente. Isso pode contribuir para planos diferentes (em última análise, isso é atribuído à detecção de parâmetros) e o lado do aplicativo geralmente acaba pior.

Veja estas outras perguntas para muito mais detalhes:

E também leia o artigo de Erland Sommarskog, Lento no aplicativo, rápido no SSMS?