Você pode escrever todos os dados (todas as linhas) usando sqlSave(channel, data, rownames = FALSE) onde channel <- odbcDriverConnect("Driver={SQL Server};Server=AAA;Uid=BBB;Pwd=CCC;") . Isso criará uma tabela com o nome data em seu banco de dados.

Você pode então anexar sua tabela existente por sqlQuery(channel, 'insert into table select * from data') .