Esse é o tempo limite para criar a conexão, NÃO um tempo limite para comandos executados sobre essa conexão.

Veja por exemplo http://www.connectionstrings.com/all -sql-server-connection-string-keywords/ (observe que a propriedade é "Connect Timeout" (ou "Connection Timeout"), não apenas "Timeout")

Dos comentários:

Não é possível definir o tempo limite do comando por meio da string de conexão. No entanto, o SqlCommand tem um CommandTimeout propriedade (derivada de DbCommand) onde você pode definir um tempo limite (em segundos) por comando.

Observe que quando você faz um loop sobre os resultados da consulta com Read() , o tempo limite é redefinido em cada leitura. O tempo limite é para cada solicitação de rede, não para a conexão total.