Para fazer backup de um único banco de dados a partir da linha de comando, use osql ou sqlcmd.
"C:\Program Files\Microsoft SQL Server\90\Tools\Binn\osql.exe"
-E -Q "BACKUP DATABASE mydatabase TO DISK='C:\tmp\db.bak' WITH FORMAT"
Você também vai querer ler a documentação sobre BACKUP e RESTORE e procedimentos gerais.
