Você pode desabilitar e habilitar os índices. Observe que desativá-los pode ter efeitos colaterais indesejados (como ter chaves primárias duplicadas ou índices exclusivos, etc.) que só serão encontrados ao reativar os índices.
--Disable Index
ALTER INDEX [IXYourIndex] ON YourTable DISABLE
GO
--Enable Index
ALTER INDEX [IXYourIndex] ON YourTable REBUILD
GO