Se você fez um teste e funcionou, provavelmente mostrou algo que ninguém mais conhece. Até agora eu sempre respondi esse tipo de pergunta:Não é possível usar um modelo único com dois bancos de dados (com alguma solução mais feia baseada em exibições ocultando tabelas do segundo banco de dados). Agora eu sei duas soluções alternativas.

A única desvantagem dessa abordagem é que todas as alterações feitas manualmente na parte SSDL do seu EDMX são sempre perdidas se você executar Atualizar modelo do banco de dados . Isso significa tanto o desenvolvimento manual do EDMX (que é um trabalho bastante árduo) quanto o uso de alguma ferramenta / script que adicionará suas alterações após cada atualização do banco de dados.