Eu encontrei exatamente o mesmo comportamento:

Eu uso o Oracle XE e o MS SQL Server Express no meu PC Windows 7 de 64 bits - atualizei para o java 1.6.0_29 de 1.6.0_27 (a versão x64) e fiquei surpreso ao ver que os mesmos programas eram capazes de se conectar ao Oracle XE, mas não para o MS SQL Server...

Eu rastreei o problema para javax.sql.DataSource.getConnection() onde estava pendurado para sempre - porque esta é apenas uma interface, os drivers jdbc levantaram minha suspeita ...

Estou usando o MS SQL Server JDBC Driver 3.0.1301.202 e até atualizei para o SQL Server CTP (o "community Technical preview") 4.0.1722.1 porque minha suspeita era que tivesse algo a ver com o driver jdbc - mas sem sucesso :ainda pendurado!

Minha solução foi fazer o downgrade para 1.6.0_27 e -- bang:tudo estava bem novamente!

Atenciosamente Erich