Na subconsulta vs simples versões CTE (não recursivas), elas provavelmente são muito semelhantes. Você teria que usar o criador de perfil e o plano de execução real para detectar quaisquer diferenças, e isso seria específico para sua configuração (portanto, não podemos fornecer a resposta completa).

Em geral; Um CTE pode ser usado recursivamente; uma subconsulta não pode. Isso os torna especialmente adequados para estruturas de árvores.