Altere o número 6 para qualquer que seja o seu comprimento total:
SELECT REPLICATE('0',6-LEN(EmployeeId)) + EmployeeId
Se a coluna for um INT, você pode usar RTRIM para convertê-lo implicitamente em um VARCHAR
SELECT REPLICATE('0',6-LEN(RTRIM(EmployeeId))) + RTRIM(EmployeeId)
E o código para remover esses 0s e recuperar o número 'real':
SELECT RIGHT(EmployeeId,(LEN(EmployeeId) - PATINDEX('%[^0]%',EmployeeId)) + 1)
