Por que usar uma Subseleção? INSERT INTO ... SELECT existe:
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
E dessa forma não deve reclamar de usar uma tabela tanto na parte INSERT quanto na parte SELECT