Se você converteu seus mapeamentos em anotações de xml/yml, certifique-se de excluir os arquivos de mapeamentos antigos.

Neste exemplo executando:php app/console doctrine:mapping:convert annotation

para converter:AppBundle\Resources\config\doctrine\MyEntity.doctrine.xml

em anotações em linha com este arquivo:AppBundle\Entity\MyEntity.php

erro é lançado porque está usando mapeamentos xml antes de usar anotações. Exclua o xml e deve estar bem.