ALTER TABLE causa uma reconstrução de toda a tabela - se sua tabela contiver muitas linhas, isso pode levar muito tempo.
Se você só precisa aumentar o valor do valor auto_increment, a maneira mais rápida é inserir uma linha fictícia (e excluir essa linha, se necessário). Isso levará apenas uma fração de segundo, enquanto ALTER TABLE pode levar dias para uma tabela grande.
Por exemplo, suponha que eu tenha uma tabela com uma coluna de ID auto_increment e outras colunas col1, col2...:
insert into autoinc_table set ID = 10000000;
delete from autoinc_table where ID = 10000000;
