Eu tive o mesmo problema. O provedor que fui obrigado a usar só tinha o MyISAM e eu desenvolvi no InnoDB. É possível migrar pois parece que o MyISAM está ignorando todos os comandos FK que você usa ao criar o esquema.

Eu usei uma exportação simples do Mysql workbench e importei o esquema e o conteúdo no host remoto.

Acho que as restrições do banco de dados seriam mantidas desde que desenvolvi e testei usando InnoDB com verificação FK. Se o seu código for sólido o risco deve ser mínimo de que o banco de dados perca a integridade. Mas é claro que pode haver casos de problemas imprevistos com as chaves se você não gerenciar algumas restrições em seu código.

Uma visão geral do InnoDB e MyISAM mecanismos de armazenamento podem lhe dar a resposta se você tiver confiado em qualquer outra coisa que diferencia os dois.