Se esta fosse uma operação única, eu faria:
use DB;
show table status name where engine='innodb';
e faça um copy/paste retangular da coluna Name:
+-----------+--------+---------+------------+-
| Name | Engine | Version | Row_format |
+-----------+--------+---------+------------+-
| countries | InnoDB | 10 | Compact |
| foo3 | InnoDB | 10 | Compact |
| foo5 | InnoDB | 10 | Compact |
| lol | InnoDB | 10 | Compact |
| people | InnoDB | 10 | Compact |
+-----------+--------+---------+------------+-
para um editor de texto e convertê-lo em um comando
mysqldump -u USER DB countries foo3 foo5 lol people > DUMP.sql
e importe depois de substituir todas as instâncias de
ENGINE=InnoDB com ENGINE=MyISAM em DUMP.sql Se você quiser evitar a mágica de copiar/colar retangular, você pode fazer algo como:
use information_schema;
select group_concat(table_name separator ' ') from tables
where table_schema='DB' and engine='innodb';
que retornará
countries foo3 foo5 lol people 
