Citando o manual para ext/mysqli :

Se você precisar de apenas um desses recursos e puder pagar pela refatoração, sim, vá em frente. Se você não precisa de nenhum desses recursos, não faça isso. Não há razão para refatorar se não houver benefícios.

Em uma nota lateral, os rumores são verdadeiros. ext/mysql provavelmente ser descontinuado (embora ninguém possa dizer quando no momento da redação deste artigo. Certamente não será obsoleto com 5.4. e provavelmente estará disponível como uma extensão pecl para sempre) Em qualquer caso, você não deve mais iniciar nenhum projeto novo com ext/mysql quando você tem uma extensão superior para começar.

Veja também http://blog.ulf- wendel.de/2012/php-mysql-why-to-upgrade-extmysql/