O MySQL geralmente reconstrói a tabela inteira quando você adiciona um índice, então todos os existentes também são reconstruídos. Isso pode ser lento.

A única exceção é adicionar um índice usando o plugin InnoDB, o que não acontece.

Até onde eu sei, ele sempre faz uma verificação completa da tabela ao criar um índice, no entanto, PODERIA fazer uma verificação de índice se você estivesse adicionando um índice que tivesse o mesmo (ou um subconjunto) de colunas que outro índice. Esses índices normalmente só são úteis se as colunas estiverem em uma ordem diferente.

Usando o estoque mysql, quanto mais índices você tiver, mais lento será para fazer um novo, pois ele reconstrói os índices existentes também.

Com o plugin, acho que não faz diferença.

De qualquer forma, se você planeja adicionar vários índices, você deve fazê-los de uma vez, não um de cada vez.