Você pode (e deve) incluir a consulta de seleção de ID de conceito em um
IN
cláusula:INSERT INTO snomedinfo_data (refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid,
languagecode, typeid, term, caseSignificanceid)
SELECT refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid,
languagecode, typeid, term, caseSignificanceid
FROM snomed_descriptiondata
WHERE active = 1 AND conceptid IN
(SELECT cd.id FROM snomed_conceptdata cd WHERE cd.active = 1)
Dessa forma, você deve ser capaz de fazer tudo em uma instrução que será muito mais rápida do que processar os mesmos dados linha por linha (também conhecido como slow-by-slow) pelo driver JDBC.