Depende de qual mecanismo de armazenamento você está usando. As tabelas MyISAM não suportam índices clusterizados, portanto, as chaves primárias nas tabelas MyISAM não são clusterizadas. A chave primária em uma tabela InnoDB, no entanto, é agrupada.

Você deve consultar o Manual do MySQL para obter mais detalhes sobre os prós e contras de cada mecanismo de armazenamento.

Você precisa ter uma chave primária; se você não criar um, o MySQL criará um oculto para você. Você sempre pode criar um campo AUTO_INCREMENT para a chave primária (é preferível que o MySQL tenha campos ocultos em sua tabela, eu acho).