Mysql
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mysql não está funcionando para IS NOT NULL


Você tem certeza de que os dados inseridos são realmente NULL e não apenas uma string vazia?

Depois disso, substitua startPeriod IS NOT NULL para TRIM(startPeriod) <> ""

OU
query = "SELECT date_format(startPeriod,'%a, %M, %d, %Y') as startDate,
             date_format(startTime,'%I:%i%p') as startTime,
             date_format(endTime,'%I:%i%p') as endTime,
             jobLocation,jobId,
              hoursWorked
       FROM users,paycheck
       WHERE users.userId = '" . $_SESSION['userId'] .
       "' AND userId = empId
       AND (startPeriod != '0000-00-00' OR startPeriod IS NOT NULL)
       ORDER BY paycheck.startPeriod DESC";

isso pode te ajudar.