Algo assim deve funcionar:
DELETE FROM `table`
WHERE `id` NOT IN (
SELECT MIN(`id`)
FROM `table`
GROUP BY `download_link`)
Apenas para garantir, antes de executar a consulta de exclusão real, você pode querer fazer uma seleção equivalente para ver o que é excluído:
SELECT * FROM `table`
WHERE `id` NOT IN (
SELECT MIN(`id`)
FROM `table`
GROUP BY `download_link`)