Json de duas tabelas mysql em PHP

Você está usando um número extremamente grande de consultas. Por que não fazer isso em uma única consulta?

SELECT * FROM `Restaurants` `r`
    LEFT JOIN `Dishes` `d` ON (`r`.`id` = `d`.`f_id`)
ORDER BY `r`.`id` ASC

e, em seguida, use o resultado para construir o objeto JSON.

EDIT Para facilitar a iteração do resultado, alterei um pouco a Query para:

SELECT 
`r`.`id` as `restaurantId`, 
`r`.`name`, 
`r`.`info`, 
`d`.`id` AS `dishId`,
`d`.`dish`,
`d`.`description`
FROM `restaurants` `r`
    LEFT JOIN `dishes` `d` ON (`r`.`id` = `d`.`f_id`)
ORDER BY `r`.`id` ASC

o resultado ficará assim:restaurantId, name, info, dishId, dish, description

agora você pode iterar o resultado assim:

$jsonArray = array();

foreach ($record as $dishDetails){
    // details of the restaurant
    $jsonArray[$dishDetails['f_id']]['name'] = $dishDetails['name'];
    $jsonArray[$dishDetails['f_id']]['info'] = $dishDetails['info'];

    // build the dishes of the restaurant
    $jsonArray[$dishDetails['f_id']]['dishes'][$dishDetails['dishId']]['dish'] = $dishDetails['dish']
    $jsonArray[$dishDetails['f_id']]['dishes'][$dishDetails['dishId']]['description'] = $dishDetails['description']
}