A seguir estão os pontos a serem considerados para tornar o aplicativo PHP seguro.

1. USE PDO ou mysqli
2. Nunca confie em nenhuma entrada. Considere cada variável como $_POST, $_GET, $_COOKIE, $_SESSION, $_SERVER como se estivessem contaminadas. Use a medida de filtragem apropriada para essas variáveis.
3. Para evitar o ataque XSS, use as funções internas do php htmlentities,strip_tags, etc, enquanto insere os dados de entrada do usuário no banco de dados.
4. Desabilitar Registrar Globals no PHP.INI
5. Desabilitar “allow_url_fopen” no PHP.INI
6. Não permita que o usuário insira mais dados do que o necessário. Valide a entrada para permitir o número máximo de caracteres. Valide também cada campo para tipos de dados relevantes.
7. Desative o relatório de erros após o período de desenvolvimento. Pode fornecer informações sobre o banco de dados que serão úteis para hackers.
8. Use um token de uso único ao postar um formulário. Se o token existir e corresponder, a postagem do formulário é válida, caso contrário, inválida.
9. Usar consultas de banco de dados parametrizadas
10. Usar procedimentos armazenados

Você pode pesquisar cada ponto no Google para obter mais detalhes. ESPERO que isso ajude