Tabela de encerramento
ancestor_id descendant_id distance
1 1 0
2 2 0
3 3 0
4 4 0
5 5 0
6 6 0
2 3 1
Para adicionar o usuário 10, indicado pelo usuário 3. (Eu não acho você precisa bloquear a tabela entre essas duas inserções):
insert into ancestor_table
select ancestor_id, 10, distance+1
from ancestor_table
where descendant_id=3;
insert into ancestor_table values (10,10,0);
Para encontrar todos os usuários indicados pelo usuário 3.
select descendant_id from ancestor_table where ancestor_id=3;
Para contar esses usuários por profundidade:
select distance, count(*) from ancestor_table where ancestor_id=3 group by distance;
Para encontrar os ancestrais do usuário 10.
select ancestor_id, distance from ancestor_table where descendant_id=10;
A desvantagem desse método é a quantidade de espaço de armazenamento que essa tabela ocupará.